DNA Las secuencias de DNA unidas a una proteína particular pueden aislarse inmunoprecipitando esa proteína (ChIP), estos fragmentos pueden luego hibridarse con un microarray (como una matriz en mosaico) permitiendo la determinación de la ocupación del sitio de unión de proteínas en todo el genoma. Ejemplo de proteína para inmunoprecipitar son modificaciones de histone (H3K27me3, H3K4me2, H3K9me3, etc.), proteína del grupo Polycomb (PRC2: Suz12, PRC1: YY1) y proteína del grupo trithorax (Ash1) para estudiar el paisaje epigenético o RNA Polimerasa II para estudiar el panorama de la copia.
DamID
De manera análoga a ChIP, las regiones genómicas unidas por una proteína de interés pueden aislarse y usarse para sondear un microarray para determinar la ocupación del sitio de unión. A diferencia de ChIP, DamID no requiere anticuerpos pero utiliza la metilación de adenina cerca de los sitios de unión de la proteína para amplificar selectivamente esas regiones, introducidas expresando cantidades diminutas de proteína de interés fusionada con DNA adenina metiltransferasa bacteriana .
Imagen 146A | Dos chips Affymetrix. Se muestra una coincidencia en la parte inferior izquierda para comparar el tamaño. | No se proporciona ningún autor legible por máquina. Schutz asumió (basado en reclamos de derechos de autor). / CC BY-SA (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Affymetrix-microarray.jpg) de Wikimedia Commons
Autor : Milos Pawlowski
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